Утвърждаването на неограничената власт на владетеля, а от там и на суверенитета на България спрямо останалите европейски християнски държави е основна цел на външната политика на хан Борис. В официалното въвеждане на християнството в държавата той вижда основния път за нейното постигане. Този въпрос намира място в отношенията му с двете водещи християнски сили - Немското кралство и Византия, като целта му определя гъвкавостта на неговата дипломация както спрямо тях, така и впоследствие спрямо Рим и Константинопол. С поемането на задължението да се приобщи към християнството и Константинополската църква Борис, подобно на византийския император, иска да се сдобие с църква, която да бъде подчинена на висшата светска власт и да се превърне в неин крепител. Това е и по-дълбокият замисъл на неговата мирна политика с Византия и на поетото задължение.
     След покръстването на българските пратеници в Константинопол, за България заминава мисия от византийски духовници, начело с епископ. Хан Борис със близкото си обкръжение е покръстен пръв и приема името на своя кръстник – византийския император Михаил III (842-867). Борис изоставя ханския титул и го заменя със славянската титла “княз”. Княжеската титла, макар и неравностойна с ханската, в политическата терминология на раннославянските езици единствено се доближава до идеята за върховната власт. Според някои специалисти тази промяна става чак към края на Борисовото управление, когато славянският език и писменост стават официални в държавата благодарение на книжовната дейност на Кирило-Методиевите ученици в България в периода 886-893 г.
     Годината на покръстването на княз Борис не е категорично изяснена. В българската историография се споменава всяка една от годините от 863 до 867 г. Петър Мутафчиев и Георги Бакалов посочват 863-864 г., Васил Златарски – 865 г., а Васил Гюзелев – 866 г.
     Като всяко знаменателно събитие от онова време, и кръщението на българите става обект на множество легенди, свързвани с християнския провиденциализъм. Според тях Борис приема християнството под влияние на една картина на Второто пришествие или под въздействието на разказите на покръстената си сестра. Широко разпространена е и легендата за кръщението на 54 000 българи по р. Брегалница, извършено от св. Кирил. Някои учени смятат, че в това легендарно известие има зрънце истина, което третира достоверен исторически факт.
     Йоан Скилица съобщава, че хан Борис, ръководен от известни верски и други съображения, свързани с опасността от дестабилизация във вътрешно-държавния живот, осъществява акта на своето християнско кръщение тайно през една нощ на 864 г. За една голяма част от управляващия български елит, която не желае да проникне в дълбокия смисъл на провежданата от владетеля духовна реформа, езичеството си остава символ и крепител на държавната независимост, а християнството – проводник на враждебната византийска политика. Враждебните настроения сред определени кръгове от управляващата върхушка, създаващи реална опасност от прерастването им в открито недоволство срещу държавната власт, заставят владетелското семейство да се покръсти без особени церемонии.
  Преходът от езичество към християнство се оказва нелесен. Проповедта на гръцки език не позволява на обикновеното население да вникне в смисъла на християнските тайнства, а старите езически вярвания си остават широко разпространени. Византийските свещеници извършват предимно прости обреди като кръщене и черкуване. Така стабилитетът на вътрешно-държавния живот на Българската държава става застрашен от проникването на прякото византийско влияние в него. Успоредно с официалната византийска мисия, християнството се проповядва и от различни еретици и лица без църковен сан. По българските земи се появяват и мисионери на юдеизма и исляма. Към създадения религиозен хаос се добавя и насилието, употребено от държавната власт при покръстването на отделни лица и цели селища.
     Зреещата болярска и народна опозиция срещу християнската религия и срещу  сближението с Византия прераства в открит бунт срещу покръстването. Според Бертинските летописи той избухва през пролетта на 866 г. в “десет комитата на държавата”, в които болярите разбунтуват народа срещу княз Борис. Бунтовниците идват въоръжени в Плиска и се събират около двореца на българския княз. Религиозните подбуди на бунта и неговата антихристиянска насоченост са добре представени в изворите. Според “Отговорите на папа Никой I по допитванията на българите” той не им дал “добър закон” и те въстават срещу него “като против отстъпник от бащината чест и слава”, както отбелязва пък Йоан Зонарас. Заради това те “искали да поставят друг княз”. Но Борис успява бързо да потуши бунта с помощта на верните си столични боили и на “кръстния знак”. Той наказва със смърт само 52-ма от болярите и техните семейства, а на народа “позволил да си отиде невредим” (Бертински летописи). Тази разправа само с част от управляваща върхушка подсказва, че вероятно най-голяма активност в бунта проявяват онези представители от прабългарската аристокрация, чиито съсловни и политически интереси се накърняват особено чувствително със засилването на самовластието на българския владетел след покръстването. Решимостта на неговото потушаване обаче, и още повече – ликвидирането на корените на възможното повторно негово проявление, доказват непоколебимостта на княз Борис I да довърши започнатото дело. Трябва да се отбележи, че в домашните извори бунтът не е отбелязан – очевидно с цел да не се опетни името на княза, обявен впоследствие за светец.
     След потушаването на бунта срещу покръстването през 866 г. пречките за по-нататъшното успешно разпространение на християнството сред народа са премахнати. Вероятно затова в българските извори – надписа на княз Борис от с. Балши (в дн. Албания) и приписката на Тудор Доксов към превода на “Словата на Атастасий Александрийски против арианите” – като година на покръстването на българския народ се сочи 866 г. От този момент християнството официално става държавна религия и всякакви опити за връщане към езичеството биват смятани за престъпление, заслужаващо строги санкции. Символичен израз на тази начална победа на християнството над езичеството е строителството на нови църковни храмове в страната. С бунтовните събития от 866 г. историците бележат край на първия етап на християнизаторската политика на княз Борис – издигане на християнството в държавна религия на България.
     Религиозният хаос и бунтът срещу покръстването принуждават княз Борис да помисли за бързо уреждане на въпроса за статута на българската църква. Те показват, че липсата на българска църковна организация може да бъде сериозна заплаха за независимостта и сигурността на държавата. Приемането на християнството от Константинопол създава практическа възможност за засилване на византийското влияние във вътрешно-държавния живот. Поради това изграждането на собствена българска църква е втората важна задача в християнизаторската политика на мъдрия и дълновиден български владетел.